أُنشئت سلطة المياه الفلسطينية بموجب القرار الرئاسي رقم 90 لسنة 1995، والذي نص في مادته الأولى على تشكيل سلطة المياه، كما وضح قانون المياه رقم (2) لسنة 1996 في الماده (2) على إنشاء سلطة المياه، والتي تتمتع بالشخصية الإعتبارية المستقلة، وتكون لها ميزانيتها الخاصة، بحيث تتبع الرئيس، ويكون لها رئيس يعين بقرار من الرئيس الفلسطيني.

وتهدف سلطة المياه إلى تحقيق الإدارة المتكاملة والمستدامة لمصادر المياه المحدودة، وحمايتها والحفاظ عليها ضمن أدوات تنظيمية تساعدها للوصول لبيئة صحية، من خلال ضمان تحقيق التوازن بين كميات المياه المتوفرة ونوعيتها وحاجة الشعب الفلسطيني لتحقيق تنمية مستدامة من خلال الموارد المائية.

جاء قانون المياه رقم (3) لسنة 2002، وهو القانون الذي حدد إطار ومستويات قطاع المياه في فلسطين، بهدف تنظيم القطاع والوصول بالخدمة إلى المستوى المناسب من جهة، وحماية المصادر المائية من جهة أخرى، حيث تم توزيع المهام وصلاحيات إدارة القطاع إلى ثلاث مستويات هي المستوى التنظيمي والمستوى التشغيلي والمستوى السياسي.

وأناط قانون المياه رقم (3) لسنة 2002 لسلطة المياه الفلسطينية مهمة إدارة قطاع المياه، وأوكلها بتنظيم القطاع وحددت علاقات هذه السلطة بالجهات صاحبة العلاقة من المؤسسات الرسمية والأهلية وسلطات الحكم المحلي كل حسب تخصصه ومرجعتيه القانونية.