أُنشئت سلطة المياه الفلسطينية بموجب القرار الرئاسي رقم 90 لسنة 1995، والذي نص في مادته الأولى على تشكيل سلطة المياه، كما وضح قانون المياه رقم (2) لسنة 1996 في الماده (2) على إنشاء سلطة المياه، والتي تتمتع بالشخصية الإعتبارية المستقلة، وتكون لها ميزانيتها الخاصة، بحيث تتبع الرئيس، ويكون لها رئيس يعين بقرار من الرئيس الفلسطيني.